MolDesign

MolDesign es una herramienta desktop con código fuente público para auditar, producir, organizar y transferir evidencia computacional estructural en etapas iniciales de investigación.

No intenta responder «¿esta molécula será un buen fármaco?». Su contrato es más concreto:

¿Qué evidencia produjo esta corrida, con qué estructura y configuración, qué controles superó, qué incertidumbre permanece y qué sería justificable hacer después?

Reto abierto hasta el 2026-12-06: FEP-06-HUM. ¿Preparas cálculos de energía libre o de dinámica molecular? Intenta montar uno con sólo un paquete exportado por MolDesign y dinos qué pierde sin decirlo (vídeo, instrucciones en inglés).

Dónde encaja

Los cálculos costosos parten de decisiones que a menudo quedan fuera del archivo: qué unidad biológica se usó, qué cadenas y aguas se conservaron, cómo se trataron huecos, metales, protonación, tautomería, estereoquímica y poses iniciales. MolDesign aspira a ser la capa local de confianza y transferencia que vuelve esas decisiones explícitas antes de entregar el sistema a otro método o equipo.

hipótesis estructural
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MolDesign: audita, documenta y puede bloquear
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paquete reproducible + incertidumbres declaradas
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FEP+, OpenFE u otro cálculo externo

El primer caso de uso de alto valor es la preparación auditable para flujos de energía libre. MolDesign no ejecuta FEP, y la versión actual todavía no está verificada como compatible con FEP+ ni con OpenFE. Hoy produce evidencia estructural con Vina; la exportación reproducible y la reconstrucción del paquete por un tercero forman parte de la hoja de ruta.

Puede ser especialmente útil en transferencias entre una CRO y su cliente, un equipo de biología estructural y uno de simulación, una core facility y un laboratorio, o una biotech pequeña y su proveedor de FEP. No compite por ofrecer más motores: su valor es mostrar qué se decidió, qué sigue ambiguo y cuándo aún no está justificado pagar por el siguiente cálculo.

MVP funcional

El flujo principal es local y orientado a casos:

1. Crear o abrir un caso de estudio.
2. Seleccionar una proteína del catálogo o cargar una estructura propia.
3. Declarar ligandos/hipótesis y ejecutar el preflight reproducible.
4. Evaluar con AutoDock Vina y las capas científicas disponibles.
5. Revisar afinidad, poses, aplicabilidad, advertencias, abstenciones y procedencia sin interpretar scores como probabilidades.
6. Conservar historial y evidencia en el directorio del caso.

El runtime desktop incluye Python científico, FastAPI, Vina, xTB, rescoring, selector de pose y estructuras curadas. Los pesos de intérprete LLM y servicios remotos son opcionales y no participan del camino crítico.

Estado publicable de cada pipeline

Los tres protocolos están implementados y ejecutan. Eso no los hace equivalentes: lo que cada uno permite afirmar es distinto, y esta tabla es la fuente. Ante cualquier discrepancia con otro documento, manda ésta.

Pipeline	Estado publicable
M4 — molécula pequeña	Operativo como evidencia exploratoria; los modelos declaran aplicabilidad limitada y se abstienen fuera de su dominio
M5-Zn — metaloenzimas	Infraestructura operativa; ningún perfil positivo científicamente liberable. Ver corrigendum
Péptidos — ESMFold + Vina	Transferencia implementada y verificada; el docking sigue siendo científicamente experimental. Ver decisión

Que una prueba pase demuestra que el programa hace lo especificado. La validez científica exige benchmark, controles, dominio de aplicabilidad y validación externa, y se declara por separado.

Qué MolDesign no afirma

• Docking no demuestra unión, eficacia ni seguridad.
• Un score no es probabilidad de éxito experimental.
• La ausencia de una alerta no prueba ausencia de artefactos.
• La interpretación final y la validación experimental corresponden al laboratorio.

Qué produce hoy cada pipeline

Hay tres protocolos, y sólo uno entrega un número. No es un defecto oculto: los otros dos se abstienen a propósito y dicen por qué. Conviene saberlo antes de instalar, para no leer una abstención como un fallo.

Protocolo	Qué hace hoy
M4 — molécula pequeña	Funciona de extremo a extremo. Vina produce, puntúa y ordena las poses. XGBoost y CL-GNN se ejecutan y se conservan como señales experimentales sin peso en el ranking, y el selector de pose sólo recomienda: la pose principal sigue siendo la top-1 de Vina. Es el camino que sostiene el producto.
M5-Zn — metaloenzimas	Ningún perfil produce VALIDATED. Existe para tres estructuras (3DC3, 1GKC, 1O86). MMP9 y ACE están en cuarentena desde el corrigendum del 2026-09-04: sus benchmarks no acoplaron en el sitio del zinc catalítico. CA2/3DC3 exige la señal GNN-D, que no tiene productor en producción, así que devuelve NOT_EVALUATED_MISSING_COMPONENT nombrando el componente que falta.
Péptidos	Se abstiene sin los pesos de ESMFold (8,4 GB, descarga bajo demanda) y lo declara pidiendo la descarga. Con el sidecar disponible corre, pero su ciencia no está validada: está probado que carga y sirve poses, no que las poses sean buenas.

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